Après avoir connu un début de carrière dans la fonction publique québécoise où il a œuvré, entre autres, à la formation continue des hauts fonctionnaires du gouvernement du Québec, Louis Côté a été professeur titulaire à l’École nationale d’administration publique (ENAP) où il a assumé la direction de L’Observatoire de l’administration publique. 

Il est aujourd’hui professeur associé à l’ENAP.  Il collabore depuis plus de vingt-cinq ans à la réalisation d’interventions de formation et de consultation auprès d’équipes de fonctionnaires engagés dans des réformes administratives au Québec et dans de nombreux pays, notamment en Afrique subsaharienne.  Il a publié au cours des années un certain nombre d’ouvrages, dont L’État démocratique : Fondements et défis, État stratège et participation citoyenne, La gouvernance : frontières, dispositifs et agents, et L’inscription des sociétés non occidentales dans la modernité, tous parus aux Presses de l’Université du Québec.